Tras la desaparición de las culturas pre-romanas, de difí­cil identificación dado lo escaso de su legado documental, el siguiente vestigio de civilización situado en la zona de Ayamonte está fuertemente influenciado por la Roma de principios de nuestra era cronológica. Se cifra la llegada de Roma a nuestra zona al finalizar la Segunda Guerra Púnica (201 A.C.) La abundancia de minerí­a del cobre en el cercano Andévalo hizo de la provincia de Huelva un atractivo destino para el Imperio Romano.

La importancia de Ayamonte durante la dominación romana se centra en ser el confí­n de la provincia conocida como Baetica,sirvisndo de conexión entre Hispalis y Onuba con la vecina Lusitania. Se habla de una calzada romana que enlazaba la desembocadura del rí­o Guadiana -lugar habitual de desembarco de las legiones- con Praesidium, identificada por algunos autores como la actual Sanlucar de Guadiana, parada fortificada donde podí­an descansar y abastecerse las tropas en su recorrido hacia la ruta de la plata. A su vez, en nuestra localidad se emplazaba una fortificación, que posteriormente fue restaurada y utilizada por los árabes, donde en la actualidad se alza el Parador Nacional de Turismo

Actualmente se han encontrado restos arqueológicos que demuestran la existencia de un poblado tardo-romano, datado en unos trescientos años después de Cristo, dedicado principalmente a la explotación de la pesca y la salazón de la misma. Se puede observar un mausoleo o edificación funeraria que formarí­a parte de un vasto complejo en el que se incluirí­a la factorí­a de conservación del pescado. Aunque la mayor parte del yacimiento permanece enterrado para su preservación, existe un proyecto de estudio de la zona por parte de la Delegación Provincial de Cultura.

Aunque existe muy poca documentación sobre la presencia musulmana en nuestra localidad, se hace patente la huella dejada en nuestras costumbres, vocablos y en el hecho de que algunas edificaciones posteriores a estos siglos de dominación islámica se levantaron sobre las ruinas de edificios árabes (el desaparecido castillo, la iglesia parroquia del Salvador). La fortaleza que dominaba la ciudad pertenecí­a a Jusuf, caudillo musulmán de Granada, a quien, como veremos posteriormente, le fue arrebatada la plaza en favor de la Orden de Santiago.

Durante las dos primeras centurias del primer milenio, Ayamonte, debido a su situación fronteriza, fue disputada por Godos, Visigodos, Portugueses y Castellanos:
En 1.239, el rey de Portugal Sancho II, reconquistó Ayamonte a los musulmanes y la donó a la Orden de Santiago, lo que supuso grandes enfrentamientos entre portugueses y castellanos por el control de la comarca.
En 1.255, Alfonso X El Sabio entregó esta villa como dote a su hija Beatriz, que casó con el Rey de Portugal Alfonso III.
A comienzos del siglo XIV, Ayamonte -juntamente con Lepe y La Redondela-pasó a dominio de los Guzmanes:
En 1.471, los Reyes Católicos otorgaron al Duque de Béjar, Pedro de Zúñiga, el tí­tulo de Conde de Ayamonte.
En 1.521, el emperador Carlos I concedió a Francisco de Zúñiga y Guzmán II el Tí­tulo de Marqués y señor del estado de Ayamonte.
En el siglo XVI, Ayamonte era un puerto donde atracaban naví­os de gran tonelaje. Una villa poblada por alemanes, flamencos, franceses y un sin fin de mercaderes y esclavos, principalmente hembras de color, procedentes de indias y de la isla de Santo Tomás, sucediendo que muchos vecinos de esta villa se casaban con ellas.

A lo largo del siglo XVII, el Marqués de Ayamonte, Manuel Silvestre de Guzmán, se ve envuelto en una conspiración por la independencia de Portugal y también en favor del separatismo andaluz. El citado Marqués, junto con Don Gaspar Alonso Pérez de Guzmán, pretendí­a que Andalucí­a fuera un reino soberano colocando en su trono al por aquel entonces Duque de Medina Sidonia. La indiscreción de algunos de los implicados en el complot y el temor del Duque a enfrentarse con Felipe IV causaron que el Marqués de Ayamonte fuera condenado a muerte y ajusticiado en 1.648.
Poco tiempo después, en 1.664, el rey Felipe IV concede a Ayamonte el tí­tulo de "muy noble y leal ciudad" por haber participado en la defensa de la frontera en su guerra por recuperar Portugal.

En 1.755 ocurre el pavoroso terremoto de Lisboa, cuyas repercusiones causaron el derrumbamiento del castillo de la ciudad. (Hoy dí­a se ha levantado un mosaico en los jardines del Parador Nacional de Turismo en memoria de este castillo-fortaleza, ya que dicho Parador se erige sobre el emplazamiento del desaparecido castillo que figura en el escudo de la ciudad.
A la llegada de los franceses a España, se crea en Sevilla la Junta Suprema Nacional, debido al desconcierto que reinaba entonces. A medida que los franceses avanzan, esta Junta sale de Sevilla y se establece en Ayamonte, denominándose Junta Suprema de Sevilla en Ayamonte. Aún hoy se conserva en la barriada de Canela un vestigio arquitectónico, la ermita de Nuestra Señora del Carmen, donde se estableció la Junta y donde se imprimió la Gaceta de Ayamonte, Boletí­n Oficial del Gobierno en el exilio que más tarde, al trasladarse la Junta a Madrid debido a la derrota de los franceses, se denominarí­a la Gaceta de Madrid, el actual BOE.
Actualmente se edita en Ayamonte una revista mensual con la cabecera "Gaceta de Ayamonte" como recuerdo de esa publicación aparecida en 1.810.

Ya en el siglo XX, Ayamonte empieza a modernizarse: expansión del casco urbano, urbanización del Salón de Santa Gadea, despliegue turí­stico en las barriadas de Punta del Moral e Isla Canela, construcción del puente internacional sobre el Guadiana y, en la actualidad, con la nueva autoví­a Ayamonte-Huelva, Ayamonte es uno de los enclaves estratégicos para el turismo y las comunicaciones.